De acuerdo a un estudio realizado por profesionales de la Universidad Técnica de Oruro (UTO), el río Huanuni excede los límites permisibles de elementos tóxicos, por lo cual es el río más contaminado que desemboca en el lago Poopó.
Este estudio permite establecer y analizar la problemática ambiental y conocer el grado de contaminación de las aguas superficiales, sedimentos y especies bénticas del río Huanuni en su desembocadura hacia el lago Poopó.
Los resultados de dicha investigación demuestran que: el río Huanuni es el más contaminado por la actividad minera. En sus aguas se encontrar aluminio (AI), hierro (Fe), cobre (Cu), zinc (Zn), cadmio (Cd), estos metales son gravemente tóxicos.
El pH (medida de acidez o alcalinidad de una disolución) del río Huanuni, debajo del puente Machacamarca es de 2,6 y posiblemente sea aún más ácido aguas abajo debido a la oxidación de las colas de sulfuros del ingenio de esta localidad que yacen en el lecho del río.
La concentración de iones sulfato es muy elevada, producto de la oxidación de las piritas y el drenaje de aguas ácidas que ingresan o se forman en las playas del río.
Asimismo, la concentración en sólidos disueltos sobrepasa en mucho el límite máximo permisible.
Las muestras se obtuvieron en tres partes del río de Huanuni tomando el mismo nivel de profundidad que es de 60 centímetros.
Basándose en estos estudios de niveles de contaminación se elaboró el proyecto "Remediar Ganando" que intenta realizar un tratamiento de los sedimentos del río como alternativa objetiva y práctica para la remediación ambiental.
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